Prenant chronologiquement suite à Skyward Sword, on y découvre le peuple de Minish et de nouveaux lieux dans le royaume d'Hyrule. Vaati fait également son apparition dans cet épisode.
Cet opus de la licence Zelda est la base de l'ensemble des épisodes connus à ce jour. On y incarne le Link originel qui découvre notamment les origines de l'Epée de Légende.