Suite directe de Phantom Hourglass, on y découvre une nouvelle terre d'accueil pour le Royaume d'Hyrule. Link parcourt cette région à bord d'un train et doit sauver la princesse Zelda du Roi Démon Mal...
Suite directe de The Wind Waker, Link continue sa route à travers les océans. Il sera amené à sauver Tetra disparue en visitant un navire abandonné.
Sorti sur la même cartouche GBA que la réédition de "A Link to the Past", Four Swords introduit l'Epée de Quatre (identique dans Four Swords Adventures). Le Link que l'on incarne doit sauver la prince...