Après avoir vaincu la Reine Noire dans le précédent opus, Battletoads Double Dragon mélange habilement deux univers dans une nouvelle aventure.
Battletoads met en scène Rash et Zitz, deux crapauds qui doivent combattre la Reine Noire et ses lieutenants afin de sauver Pimple et la princesse Angelica, leurs amis kidnappés.